あんまりにも個人的すぎるのでqiitaに書くのやめてこちらに。基本winユーザーなのでlinuxのコマンド忘れやすいんですよね…
オプション指定でもっといろいろ機能が使えるので詳しいことは別途検索するなりしてください。

su

一時的にroot権限のシェルを得るやつ。
su後はexitで元のユーザーに戻る。

sudo

後に続けたコマンドだけroot権限で実行するやつ。

ls

• -la

カレントディレクト、または指定したディレクトリのファイル一覧を表示するやつ。
-laでユーザーやグループ、操作権限を表示してくれる。

cd

カレントディレクトリを指定したディレクトリに移動するやつ。

ln

• -fs

シンボリックリンクを作成するやつ。
-fsで指定した名前が一緒でも強制的に作成してくれる。

unlink

シンボリックリンクを削除するやつ。

mkdir

ディレクトリを作成するやつ。

rm

• -r

ファイルを削除するやつ。
-rオプション付けてディレクトリを指定するとリカーシブにディレクトリを検索して削除してくれる。

mv

ファイルを移動するやつ。

cp

• -r

ファイルをコピーするやつ。
-rオプション付けてディレクトリを指定するとディレクトリまるごとコピーしてくれる。

apt / apt-get

• install
• remove
• update
• upgrade

アプリをインストールしたりアップデートしたり削除したりするやつ。aptはdebian系。ほかのディストリならrpmとかネ。

nano

• ctrl+x

エディタ。コマンド打ってから操作、みたいな事がない。
ctrl+xで終了時ファイル更新してれば保存するか聞かれるので任意でy/nを選択する。

vi

• i
• /
• :q!
• :wq

エディタ。コマンド打ってからなにかせなあかんやつ。
iで編集し、escでコマンドモードに戻る。/入れた直後に検索文字入れてenter押すと検索するよ。:q!は保存せず終了、:wqで保存終了。変な事やっちゃったらesc連打してq!で何もなかった事にする。

wget curl

ネットからダウンロードするやつ。

tar

• xvzf

ネットからDLした*.tar.gzファイルとかを展開するやつ。
xvzfで解凍して展開してくれる。

fg

実行中ctrl+zとか押しちゃった時に元のプロセスに戻れるやつ。

top

cpuその他の状態を見るタスクマネージャー的なやつ。

ifconfig

ネットワーク情報を見るやつ。

ps

• -alx

プロセスの情報を見るやつ。 -alxで大抵ほしい情報が見られる。

df

• -h

マウントされてるディスクの状態を調べるやつ。
-hで容量が見やすくなる。

fdisk

• -l

マウントされてないもの含めたディスク関連を調べるやつ。
-lで大体表示される。無理ならdmesgとか。

mount / umount

USBとかをマウントするやつ。

kill

psコマンドでUIDを指定するとそのプロセスをkill出来るやつ。

以上。こんだけ覚えとけば普段の開発は一通り出来るはず。グループ変更とかユーザー回りのコマンドはその都度調べるくらいでおｋかな。

※2018/5/15微妙に修正しました。